遊客服務中心
位於文化公園路停車場旁，作為匯集遊客的主要入口，提供遊客諮詢、視聽簡報、廁所、哺集乳室、置物櫃、多功能教室等設施服務，並引導遊客參觀考古現場、月形石柱、瞭望臺、展示廳等各種行程。本體建築造型獨特，其建築形體為半圓弧造型，樓高一層，外牆呈多曲面狀。建築物屋頂為平坦木棧板，裝置有花架，是周邊入口廣場花架之延伸。中央廣場則為小型展演空間「普悠瑪廣場」。
入口廣場
仿如遺址公園的大廳，設計重點一方面在創造入口意象，另一方面詮釋遺址公園的整體精神。沿著廣場的弧度，是集成材與細鋼管構成的「懸梁」、「殼狀」結構，兩種材料良好的複合，形成了結構整體的穩定性。
戶外表演廣場
廣場中心的大理石鋪面，取卑南文化饒富象徵意義的人獸型玉玦耳飾為圖案。戶外表演廣場利用自然的地形設置觀眾席並搭有遮陽棚架，一方面呼應周遭平緩起伏的地勢，視野遼闊，同時也解決日曬過熱或雨淋問題。廣場邊緣保留兩顆原生樹種，形成的軸線則遙對著此地古人心目中神秘的聖山——都蘭山。
考古現場
於國定遺址範圍內，為了避免下挖影響遺址地下堆積，採用立方體混凝土塊結合而成的地面基礎，同時棚架設計上有易於拆解重組之特性。考古現場所呈現的主要現象是史前聚落遺跡，大部分的建築結構物已不復存在，只遺留砌石牆、砌石圈、平舖石板等，在考古發掘過程中也出土許多陶、石質生活用具和裝飾品。
月形石柱
高約4公尺，因形似新月而得名，但石柱原本是上方帶有圓形穿孔的大石板，在破損後才形成月亮的形狀。1896年鳥居龍藏在卑南遺址拍下最早的石柱影像；1925年後，鹿野忠雄也描述在卑南看到許多成君排列的石柱。如今位在火車站後方的月形石柱，是卑南遺址唯一留存原地的史前遺跡，至今已矗立地面三千多年。
地景藝術
石柱是卑南遺址重要地標，是史前卑南文化建築結構的一部分，呈直線排列指向都蘭山。1930年代前，遺址仍可見許多石柱立於地表，在1980年代尚存5件立於地表，而今僅見「月形石柱」。卑南遺址公園的地景藝術石柱群，參考石柱的珍貴影像以藝術手法呈現。
展示廳
強化玻璃步橋懸空而過，腳下是石板棺墓葬復原情境，提醒觀眾隨時都有可能走在遺址上。過步橋後眼前一幅開展的地層斷面剝取自遺址現場，完整呈現出文化層的堆疊現象。拾級而上，緊接著進入展示主題，深入淺出地綜覽卑南遺址的史前文化內涵。展場一角播放的動畫影片，讓觀眾跨越三千年時空，更貼近史前卑南文化人的生活與心靈世界。
史前家屋
建築學者協助館方從地形、氣候、結構、地方材料、生活功能及邏輯等各方面，推理卑南文化人的住屋形式，並以合理尺寸、材料建造。可在展示區裡看到卑南文化人的整體居住空間，除了有住屋外，推測還有前庭、步道、駁坎、儲物用砌石圈等。
卑南族少年會所（trakuban）
為延續卑南族建築工藝技術，邀請普悠瑪（南王）部落於大草坪重建卑南族少年會所。卑南族少年會所早期是部落內少年們接受部落教育的地方，據載卑南族男子在十二、三歲時就要進入少年會所，接受生活禮儀、神話傳說、族群歷史、工藝技術及狩獵戰技的訓練。現在也成為保存傳統歲時祭儀文化的場域，凝聚族人向心力。
原住民家屋區｜卑南族家屋
傳統卑南族人的本家除家屋（ruma'）外，亦包含有祖靈屋（karuma'an）以及小米靈屋（ka'aliliyan）。家屋是生活起居的地方，祖靈屋是家族祭祀與巫師施作法事的地方，小米靈屋則是家族小米祭祀的場所。卑南族人為每間祖屋命名，在這個家出生的人，便以此家名為名。本家屋由造屋耆老王天木先生命名為Sapa'（林投的意思）。
西側瞭望臺
遺址公園制高點，海拔約81公尺，可欣賞四周環境與自然景觀外，還可看見臺東市全景，氣候良好時甚至可遠望綠島及蘭嶼。1995年進行瞭望臺工程時，於工地側邊發現3座石板棺，隨即停工進行發掘紀錄。依石板棺尺寸推斷，死者都是成年人，石板棺方向也都指向都蘭山。為了保存此3座石板棺原址，瞭望台工程進行適度修正，並將複製的石板棺於原地復原。
東側瞭望臺
緊鄰火車站，正位於卑南遺址精華區上，可清楚環視原址地貌並感受周遭環境，提供遊客臨場遙想時間推移的感受。因位於國定遺址範圍內，為了避免下挖影響遺址地下堆積，因此利用早期農民留下的水塔改造而成，也意外保留近代農民對土地利用的痕跡。